1. Khối các phòng chức năng: Bao gồm

           a) Phòng Tổ chức cán bộ;

           b) Phòng Hành chính tổng hợp;

           c) Phòng Tài chính - kế toán;

           d) Phòng Quản lý Khoa học, Đào tạo và Hợp tác quốc tế;

           e) Phòng Quản trị vật tư thiết bị.

           f) Văn phòng Đại diện tại thành phố Hồ Chí Minh.

2. Khối nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ và đào tạo

           a) Khoa Công nghệ Thiết bị y tế;

           b) Khoa Công nghệ Công trình y tế.

3. Khối kiểm định, hiệu chuẩn và kiểm tra, đánh giá chất lượng Trang thiết bị y tế

          a) Trung tâm Kiểm định, hiệu chuẩn trang thiết bị y tế;

          b) Trung tâm Đánh giá chất lượng trang thiết bị y tế.

4. Khối phát triển sản xuất, kinh doanh và dịch vụ

          a) Trung tâm Sản xuất và bảo hành, bảo trì Trang thiết bị y tế;

          b) Trung tâm Cung ứng Vật tư, thiết bị y tế.